Saluuut !
Pour construire des arbres phylogénétiques, on réalise d'abord un
alignement de séquences de gènes orthologues (gènes issus du même ancêtre commun) de différentes espèces afin d'
étudier les différences et ressemblances entre les séquences.
Plus il y a de différences (comme des substitutions ou délétions),
plus l'ancêtre commun est ancien.
Il est important d'
étudier des gènes très conservés comme celui de l'ARN ribosomique car lorsque les substitutions sont très nombreuses et que la restitution des ressemblances entre séquences devient limite, la précision de l'âge du dernier ancêtre commun est altéré.
Toutefois,
pour les gènes extrêmement conservés comme celui de l'histone H4, les différences entre séquences se résument au changement d'un seul acide aminé sur toute la séquence. Cette seule différence montre qu'entre espèces, le gène est très stable, il est alors peu judicieux de construire un arbre phylogénétique pour si peu de différences.
En résumé, tout est une question d'équilibre, le gène doit être assez conservé afin que les séquences soient assez ressemblantes et que l'arbre soit précis, mais si le gène est extrêmement conservé, le peu de différence ne permettra pas de séparer des espèces proches.
Mes excuses pour le délai de réponse, j'espère que c'est plus clair pour toi
Bon courage de la part de l'équipe de BDR-Physio-Genet <3
