exopeptidase et endopeptidase

[Maya]

Salut !

Pour la méthode enzymatique, pour séquencer un peptide, le professeur Andres parle d'exopeptidase et d'endopeptidase, mais je n'ai pas très bien compris ces notions.

Merci d'avance!

[laly]

Je te réponds dans un instant

[laly]

Saaluuut,

Alors pour séquencer ton peptide tu as plusieurs solutions :
- La méthode de Sanger, plus trop utilisée
- La méthode enzymatique (j'y reviens juste après)
- La spectrométrie de masse, bcp plus actuelle et très utilisée
- La méthode indirecte qui s'appuie sur le clonage puis le séquençage de l'ADN. C'est surement la technique la plus utilisée car rapide et peu couteuse.

Ces techniques permettent toutes de séquencer les peptides c’est-à-dire donner la nature et l’ordre des AA qui le composent.

A propos de la méthode enzymatique elle repose effectivement sur l’utilisation d’endo et d’exopeptidases :
- Les exopeptidases clivent les AA qui se trouvent aux extrémités du peptide, on a donc des aminopeptidases et des carboxypeptidases :

• Les aminopeptidases coupent l’AA qui se trouve en Nterm cad du coté du NH3+. Le peptide étant tjs orienté de Nt en Ct on peut donc dire que les aminopeptidases coupent en Ct du premier AA. (je t’ai mis une image en pièce jointe d’internet, pr bien visualiser).

• Les carboxypeptidases coupent l’AA qui se trouve en Cterm cad du coté du COO-. On peut donc dire qu’elles coupent en Nt du dernier AA.

➔ Les exopeptidases coupent donc un seul AA à la fois et au fur et à mesure on va pouvoir connaitre la séquence. Cette technique est cependant inutilisable au-delà d’un peptide de 10 -15 AA.

- Les endopeptidases coupent à l’intérieur de la chaine. Elles hydrolysent les liaisons peptidiques et ont des propriétés particulières de reconnaissance de certains AA :

• La trypsine coupe en Cterm des résidus basiques cad qu’elle coupe après les AA basiques que sont la lysine et l’arginine.

• La chymotrypsine coupe en Cterm des AA aromatiques que sont la phénylalanine, le tryptophane et la tyrosine.

• La protéase staphylococcique coupe en Cterm des AA acides tels que l’aspartate et le glutamate.

• L’élastase coupe des AA petits et neutres (le P. Andrès n’en parle très peu).

• Le bromure de cyanogène coupe en Ctem des méthionines.

Attention. : le prof a bien dit qu’il ne faut pas retenir par cœur le rôle de chaque enzyme, il le précisera lors d’un exercice. Tu peux retenir pr le bromure de cyanogène car c’est assez simple d’après lui.

On se sert de toutes ces enzymes car une fois l’hydrolyse complète du peptide (= on connaît la composition mais pas l’ordre des AA), on va utiliser :
- Les exopeptidases pour connaître les AA aux extrémités
- Les endopeptidases pour connaître l’ordre des AA intrachaines

Cette technique n’est pas réalisable pr des peptides longs, dans le cas d’un peptide long on vient le couper en petits peptides qu’on vient ensuite séquencer individuellement.

Voilà, j’espère que c’est plus clair sinon dis moi !!
Bon courage de la part de la team bioch, ne lache rien <333