Salut la team bioch c'est encore moi !
Alors, au début ça allait, mais là avec le dernier cours de Clastres je confond tous les termes qu'il utilise pour parler de certaines séquences ADN/ARN.
Est ce que vous pourriez m'expliquer ce que sont :
- Une séquence consensus
- Un promoteur
- un "enhancer"
- une protéine CAP
Ensuite, j'ai plusieurs questions par rapports à différentes notions :
- Quelle est la différence entre facteur de transcription et facteur spécifique de transcription ?
- Est ce qu'un élément de réponse est un facteur de transcription ? En fait qu'est ce que c'est ?
- Est ce que les TATA box sont des séquences consensus ?
- Est ce que le cadre de lecture ouverte c'est toute la partie du gène qui va être dupliqué ?
- Est ce que une même séquence consensus est retrouvée sur plusieurs gènes ?
Voilà, je sais qu'il est préférable de faire un post par questions mais comme elles se recoupaient un peu ça aurait fait beaucoup de posts pour des questions liées.
En tous cas merci d'avance des réponses !
Vocabulaire
Re: Vocabulaire
Salut Burger Lover !
Je vais t'aider pour tout ça et j'espère que ça ira mieux après!
Une séquence consensus est une séquence nucléotidique la plus fréquente à chaque position d'un alignement de séquences. Par exemple, le signal de polyadénylation est une séquence consensus AAUAAA, mais cette séquence n'est pas à retenir. Normalement, la seule que tu dois retenir selon le professeur Clastre est la séquence consensus TATA box.
Le promoteur est une séquence d'ADN reconnue par une ARN polymérase, permettant de réguler l'expression des gènes. Il contient des séquences consensus en positions précises et une unité de transcription. Dans le promoteur, on retrouve également la TATA box, les facteurs généraux de transcription...C'est une région où se fait l'initiation à la transcription.
L'enhancer modifie l'activité du promoteur eucaryote en stimulant l'initiation. Il se définit plutôt comme un activateur de transcription. Il peut interférer avec le complexe de transcription via un activateur de transcription ce qui va, in fine, activer l'initiation en augmentant la vitesse d'initiation de la transcription.
La protéine CAP intervient lors de l'opéron lactose et exerce un contrôle dessus de manière positive, lorsqu'elle est active. Pour s'activer, il faut une concentration assez importante d'AMPc, qui se fixera sur la protéine qui changera de conformation, pour enfin être activée. C'est donc le complexe CAP-AMPc qui active l'opérateur lac.
Pour répondre à tes questions suivantes:
Il y a bien une différence entre facteurs généraux de transcription et facteurs spécifiques de transcription. En effet, les facteurs généraux de transcription sont ceux impliqués dans le complexe transcriptionnel autour de l'ARN polymérase, fixés au niveau de la région promotrice et de la TATA box, pour permettre à la transcription d'avoir lieu. Par contre, les facteurs spécifiques de transcription modulent l'expression des gènes. Ils sont retrouvés en amont, vont se fixer et avoir une action répressive ou inductrice.
Les éléments de réponses sont des séquences consensus à côté des TATA box, c'est sur eux que se fixent les facteurs de transcription spécifiques.
La TATA box est une séquence consensus noté TATAAT 
qui est à retenir ++ contrairement à celle de polyadénylation le professeur à précisé que celle de la TATA box était à savoir.
Le cadre de lecture ouvert définit quel ensemble de trois nucléotides est lu comme codon. Je n'ai par contre pas compris ta question sur cette notion.
Une séquence consensus est relativement spécifique de ce qu'elle fixe, par exemple à certains types de facteurs de transcription pour les éléments de réponse. Donc par extension, une séquence consensus utile à la transcription comme la TATA box pourra être retrouvée sur plusieurs gènes étant transcrits.
Voilààà j'espère avoir éclairci tes zones d'ombre. N'hésites pas à demander si certains points ne sont pas clair pour toi, notamment ta question sur le cadre de lecture ouvert...
Bon courage <3
Je vais t'aider pour tout ça et j'espère que ça ira mieux après!
Une séquence consensus est une séquence nucléotidique la plus fréquente à chaque position d'un alignement de séquences. Par exemple, le signal de polyadénylation est une séquence consensus AAUAAA, mais cette séquence n'est pas à retenir. Normalement, la seule que tu dois retenir selon le professeur Clastre est la séquence consensus TATA box. Le promoteur est une séquence d'ADN reconnue par une ARN polymérase, permettant de réguler l'expression des gènes. Il contient des séquences consensus en positions précises et une unité de transcription. Dans le promoteur, on retrouve également la TATA box, les facteurs généraux de transcription...C'est une région où se fait l'initiation à la transcription.- promoteur.JPG (19.23 Kio) Consulté 2740 fois
L'enhancer modifie l'activité du promoteur eucaryote en stimulant l'initiation. Il se définit plutôt comme un activateur de transcription. Il peut interférer avec le complexe de transcription via un activateur de transcription ce qui va, in fine, activer l'initiation en augmentant la vitesse d'initiation de la transcription.- enhancer.JPG (16.83 Kio) Consulté 2740 fois
La protéine CAP intervient lors de l'opéron lactose et exerce un contrôle dessus de manière positive, lorsqu'elle est active. Pour s'activer, il faut une concentration assez importante d'AMPc, qui se fixera sur la protéine qui changera de conformation, pour enfin être activée. C'est donc le complexe CAP-AMPc qui active l'opérateur lac.Pour répondre à tes questions suivantes:
Il y a bien une différence entre facteurs généraux de transcription et facteurs spécifiques de transcription. En effet, les facteurs généraux de transcription sont ceux impliqués dans le complexe transcriptionnel autour de l'ARN polymérase, fixés au niveau de la région promotrice et de la TATA box, pour permettre à la transcription d'avoir lieu. Par contre, les facteurs spécifiques de transcription modulent l'expression des gènes. Ils sont retrouvés en amont, vont se fixer et avoir une action répressive ou inductrice.- faceturs trasncription.JPG (19.36 Kio) Consulté 2740 fois
Les éléments de réponses sont des séquences consensus à côté des TATA box, c'est sur eux que se fixent les facteurs de transcription spécifiques. La TATA box est une séquence consensus noté TATAAT qui est à retenir ++ contrairement à celle de polyadénylation le professeur à précisé que celle de la TATA box était à savoir. Le cadre de lecture ouvert définit quel ensemble de trois nucléotides est lu comme codon. Je n'ai par contre pas compris ta question sur cette notion. Une séquence consensus est relativement spécifique de ce qu'elle fixe, par exemple à certains types de facteurs de transcription pour les éléments de réponse. Donc par extension, une séquence consensus utile à la transcription comme la TATA box pourra être retrouvée sur plusieurs gènes étant transcrits.Voilààà j'espère avoir éclairci tes zones d'ombre. N'hésites pas à demander si certains points ne sont pas clair pour toi, notamment ta question sur le cadre de lecture ouvert...
Bon courage <3
-
burger lover
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Re: Vocabulaire
Donc une séquence consensus c'est une répétition précise de certain AA au sein du promoteur pour dire "le promoteur est à cet endroit, la transcription doit commencer ici" ?
Sinon quand je demandais si le cadre de lecture ouverte c'est toute la partie du gène qui va être dupliqué, c'est que je me demandais cadre de lecture = toute la partie du gène qui va être transformée en ARN pré-messager, ou est ce que le cadre de lecture correspond juste aux nucléotides qui vont être utiles pour former la protéine. Mais du coup ce que j'ai compris, c'est que le cadre de lecture est propre à chaque AA puisque c'est lui qui définit les 3 nucléotides utiles pour faire le codon. Donc chaque codon correspond à un cadre de lecture ? Je pensais que ça correspondait à tout le gène, dans son ensemble, qui va être transcrit en ARNm, d'où ma question. (je sens que je suis pas clair).
Donc, 1 codon (ou en tous cas, une manière de lire un codon) = 1 cadre de lecture ?
Sinon quand je demandais si le cadre de lecture ouverte c'est toute la partie du gène qui va être dupliqué, c'est que je me demandais cadre de lecture = toute la partie du gène qui va être transformée en ARN pré-messager, ou est ce que le cadre de lecture correspond juste aux nucléotides qui vont être utiles pour former la protéine. Mais du coup ce que j'ai compris, c'est que le cadre de lecture est propre à chaque AA puisque c'est lui qui définit les 3 nucléotides utiles pour faire le codon. Donc chaque codon correspond à un cadre de lecture ? Je pensais que ça correspondait à tout le gène, dans son ensemble, qui va être transcrit en ARNm, d'où ma question. (je sens que je suis pas clair).
Donc, 1 codon (ou en tous cas, une manière de lire un codon) = 1 cadre de lecture ?
Re: Vocabulaire
Salut ! 
Attention, les séquences consensus sont présentes sur les acides nucléiques ce n'est donc pas une répétition d'AA mais de bases
Les séquences consensus désignes toutes les répétitions de bases qui forment un paterne retrouvé dans des zones qui ont les même fonction (la TATA box qui participe à la fixation de l'ARN pol par exemple). Ainsi, les séquences consensus ne se trouvent pas que dans le promoteur, on peut par exemple citer le signal de polyadénylation qui ne s'y trouve pas.
Pour ce qui est du cadre de lecture: il en existe six phases: +1/+2/+3 pour le brin sens et -1/-2/-3 pour le brin antisens.
La notion de cadre de lecture correspond à la façon de découper une séquence en codons
Pour ce qui est du cadre de lecture ouvert, il désigne sur l'ADN l'ensemble des nucléotides entre un codon start (AUG) et un codon stop. Il s'agit d'une partie de l'ADN qui a une forte probabilité d'être transcrite puis traduite en protéine.
N'hésite pas si il reste des zones d'ombre, certaines définition en génétique sont malheureusement assez floues.
Bon courage de la part de toute la bioch team <3
2 petits détails :Donc une séquence consensus c'est une répétition précise de certain AA au sein du promoteur pour dire "le promoteur est à cet endroit, la transcription doit commencer ici" ?
Attention, les séquences consensus sont présentes sur les acides nucléiques ce n'est donc pas une répétition d'AA mais de bases Les séquences consensus désignes toutes les répétitions de bases qui forment un paterne retrouvé dans des zones qui ont les même fonction (la TATA box qui participe à la fixation de l'ARN pol par exemple). Ainsi, les séquences consensus ne se trouvent pas que dans le promoteur, on peut par exemple citer le signal de polyadénylation qui ne s'y trouve pas. Pour ce qui est du cadre de lecture: il en existe six phases: +1/+2/+3 pour le brin sens et -1/-2/-3 pour le brin antisens. La notion de cadre de lecture correspond à la façon de découper une séquence en codons
Pour ce qui est du cadre de lecture ouvert, il désigne sur l'ADN l'ensemble des nucléotides entre un codon start (AUG) et un codon stop. Il s'agit d'une partie de l'ADN qui a une forte probabilité d'être transcrite puis traduite en protéine. N'hésite pas si il reste des zones d'ombre, certaines définition en génétique sont malheureusement assez floues.
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REF BIOCH 2021-
burger lover
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Re: Vocabulaire
C'est dingue c'est beaucoup plus clair !
Merci
(ça ne veut pas dire que j'en ai finis avec mes questions haha à bientôt sur le forum)
Merci
(ça ne veut pas dire que j'en ai finis avec mes questions haha à bientôt sur le forum)