peptide phi

[ines_bnas]

Bonjour,

Je voulais vous poser une question à propos des phi, j'arrive pas à comprendre comment on est censé déterminer le phi d'un peptide avec seulement le tableau, quelles méthodes ou étapes doit-on suivre ?

Je vous remercie d'avance pour votre réponse

[Marieeeeeee]

Salut !!! j’espère que tu vas bien !!

Je t’ai créé un petit exercice pour t’entraîner.

Le but est de trouver le pHi du peptide suivant : Val-Ser-Glu-Arg-Leu

Données : tableau des pKa

GraphiqueCollé-4-1.png (17.95 Kio) Consulté 2236 fois

Correction :

1) On repère les AA qui nous intéresse : (ils seront capables de se dé/protoner selon les variations de pH)

D’abord il faut se rappeler que l’enchaînement d’acides aminés (AA) se fait de N-term en C-term.
- La valine (Val) est l’extrémité N-term du peptide donc on utilise le pKa de la fonction amine de la Val
- La leucine (Leu) est l’extrémité C-term du peptide donc on utilise le pKa de la fonction COOH de la Leu

La chaîne latérale de la sérine n’est pas chargée, elle ne nous intéresse pas.

Le Glutamate a une chaîne latérale acide, elle nous intéresse.

L’arginine a une chaîne latérale basique, elle nous intéresse.

2) On repère les pKa qui nous intéresse dans le tableau
3) Faire un nouveau tableau qui permet de déterminer le pHi du pep

- Quand pH<pKa : la fonction est protoné, sa charge est positive.
 Fonction est sous forme NH3+/COOH

- Quand pH>pKa : la fonction est déprotoné, sa charge est négative
 Fonction sous forme NH2/COO-

Maintenant il faut remplir le tableau.
Par exemple, pour la fonction COOH en C-term, son pKa est 2,36.

En dessous du pKa, l’acide carboxylique est sous forme COOH donc pas de charge. Il faut mettre 0 dans le tableau.

Au-dessus du pKa, l’acide carboxylique est sous forme COO- donc charge négative. Il faut mettre un - dans le tableau.

Il faut faire pareil pour R-Glu. (chaîne lat acide)

Par exemple, pour la fonction amine en N-term, son pKa est 9,69.

En dessous du pKa, l’amine est sous forme NH3+ donc charge positive. Il faut mettre un + dans le tableau.

Au-dessus du pKa, l’amine est sous forme NH2 donc pas de charge. Il faut mettre un 0 dans le tableau.

Il faut faire pareil pour R-Arg. (chaîne lat basique)

4) Faire la somme des charges du tableau
5) Prendre les pKa qui entoure le 0 est faire la moyenne

GraphiqueCollé-5-1.png (16.06 Kio) Consulté 2236 fois

pHi = (4,25 + 9,69)/2 = 6,97

Le pHi du peptide est 6,97.

J'espère avoir su répondre à ta question ! Bon courage de la team bioch' 2022 <33333

[ines_bnas]

tout est beaucoup plus clair, mercii