Liaison anti et syn

[Hermi]

Salut la teem bioch,
Dans les derniers cours d'Andrès et dans les cours de Clastre, on parle de liaison anti et syn, je n'ai pas compris ce que c'était ni leur différence... De plus je n'ai pas compris ce qu'est "la surface de Van der Walls" .
Dans l'ADN, je n'arrive pas non plus à voir qu'elle est le grand et le petit sillon.
Désolé, j'ai bcp de question....
Merci pour vos réponses!!
Hermione

[Louisee]

Saluut Hermione, j'espère que tes révisions se passent bien !!
Je vais reprendre tes questions une par une, en espérant tout clarifier.

Liaisons syn et anti :
Il existe différents types de structures secondaires pour l'ADN (A, B et Z) qui possèdent des contraintes stériques différentes. Cela impose différentes positions pour les bases : ANTI ou SYN, avec les liaisons glycosidiques associées.
Les bases anti sont tournées vers l'extérieur, elles sortent du plan de l'ose tandis que les bases syn sont tournées vers l'intérieur de la structure.

L'ADN B (l'hélice de Watson et Crick) est le plus retrouvé, c'est une double hélice droite où les bases sont en position anti, c’est-à-dire que l’hélice se tourne de façon à ce que les bases sortent du plan de l’ose.
On dit donc que l'ADN B est défini par des liaisons glycosidiques anti.

L'ADN A correspond également à une double hélice droite, il possède les mêmes contraintes stériques que l'ADN B, ses bases sont donc en position anti, elles sortent du plan de l'ose.

L'ADN Z, est une double hélice gauche, sa structure est "bosseuse". En effet il existe une alternance de bases qui vont vers l’intérieur et l’extérieur (zigzag comme un Z). L'ADN Z possède donc les deux types de configuration de bases anti et syn.

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Les surfaces de VdW :
C'est une représentation des atomes avec la taille réelle qu'ils occupent au sein de l'ADN. Les surfaces de Van der Walls montrent qu’il n’y a aucun espace entre les bases de l'ADN B. La structure est entièrement hydrophobe, l’eau ne peut pas passer.

Les sillons :
L'ADN est une double hélice et ses deux hélices ne sont pas symétriques par rapport à l’axe du cylindre. Cela entraîne l’apparition de petits et de grands espaces. Ce sont les grands et petits sillons. Les désoxyriboses sont proches au niveau des petits sillons et plus éloignées au niveau des grands.
Au sein de l'ADN B, les protéines peuvent interagir au niveau du grand sillon, en particulier les facteurs de transcription, le petit sillon ne laisse pas passer de protéines.

Voilààà, j'espère avoir répondu à tes questions ! N'hésite pas à redemander si ce n'est pas clair

Bon courage pour cette dernière ligne droite, l'équipe de bioch te soutient <333

[Hermi]

C super clair ! Mercii