Peptide pHi

[khira]

Bonjour,
Je ne comprends pas trop comment on a fait pour remplir le tableau de ce peptide sur le QCM de tharmo j'ai compris qu'on devait lire de N-term en C-term et donc qu'on a utilisé le COOH de Glu et le NH3 de Met et que les chaines latérales de Asn et Val ne sont pas charges donc elles ne nous intéresse pas et qu'on utilise celle de His mais alors pourquoi avoir aussi utilisé la chaine latérale de Glu et donc avoir utilisé l'acide aminé une 2eme fois ? est-ce que cela veut dire qu'on a besoin d'utiliser 2 chaines latérales lorsque l'on fait un tableau ? et pourquoi celle de Glu ?

[Noah]

Coucou Khira ! J'ai bien compris t'as question et je vais t'expliquer tout ça !

Comme tu l'as très bien compris, les AA qui nous intéresse lors du calcul du pHi sont les AA des extrémités N-term et C-term ainsi que les AA portant une chaîne latérale chargée.

Ici dans notre exemple, la Méthionine est à l'extrémité N-term, on prend donc le pKa de sa fonction NH3.

Ensuite de l'autre côté, on retrouve le Glutamate en C-term, on prend donc le pKa de sa fonction COOH disposé sur son carbone alpha.

Une fois que tu as traité les 2 extrémités tu peux attaquer les chaînes latérales chargées des autres AA du peptides. Ici les seuls AA ayant une chaîne latérale chargée sont l'Histidine ainsi que le Glutamate. Il faut donc prendre le pKa de leurs chaînes latérales.

Ici le Glutamate est choisi 2 fois car il est situé en C-term et qu'il possède une chaîne latérale !

Un petit exemple pour illustrer tout ça :

• Dans le peptide suivant : Arg - Leu - Ala - His - Asp

• On sélectionne les pKa des extrémités, c'est-à-dire le pKa de la fonction NH3 de l'Arginine et le pKa de la fonction COOH de l'Aspartate.

• Et ensuite on prend les pKa des chaînes latérales, ici on retrouve l'Arginine, l'Histidine et l'Aspartate.

L'Arginine et l'Aspartate sont sélectionnés 2 fois car ils sont aux extrémités et qu'ils possèdent une chaîne latérale chargé ! Ce n'est donc pas spécifique du Glutamate !

Voilaaaa ! J'espère avoir pu répondre à ta question ! N'hésite pas à poser des questions si tu n'as pas tout compris ! L'équipe de Bioch est avec toi !

[khira]

Je comprends mieux merciii