Diagramme de ramachandran

[Eleonore]

salut, je ne comprends pas très bien la lecture du diagramme de Ramachandran entre les zones blanches (qui sont impossibles car les atomes sont trop proches) et les zones en vert foncé (représentant les angles pour lesquels les peptides existent et sont très fréquentes : Φ : - 120° et Ψ : -60 à 180°)

Il y a des zones d’incompatibilité stériques : ϕ = 90° et ψ = -90°

1) comment on lit ce diagramme
2) pourquoi ça permet de déterminer toutes les possibilités de configuration de peptides ?
3) que veut dire « zones d’incompatibilités stériques » ?

Encore merci !!!!!

[Isaure]

Hello Eleonore!
Tout d'abord, on s'excuse vrrrrrraiment beaucoup pour la réponse bien tardive, on a eu des petits problèmes de connexion...

Pour ce qui est du diagramme de Ramachandran, tu sembles avoir compris l'essentiel! Je peux quand même te faire une petite synthèse:

Le diagramme de Ramachandran est une représentation graphique permettant d'analyser la conformation du squelette polypeptidique des protéines. Il se lit de la manière suivante:
- En ordonnée : les valeurs de psi Ψ
- En abscisse : les valeurs de phi Φ

Les zones en vert foncé correspondent, comme tu l'as dit à des zones favorisées, tandis que les zones en vert clair et les zones blanches correspondent respectivement à des zones moins favorisées, voire totalement défavorisées. Cette propriété d'angles favorisés ou non est liée, comme souvent en biochimie, à une question d'encombrement stérique. En effet, certaines valeurs d'angles conduisent à des contacts trop proches entre atomes qui sont énergétiquement très défavorables.

P.S: "zone d'incompatibilité stérique" renvoie donc à une zone où les angles, étant énergétiquement défavorables, formeraientt une molécule instable.

Quant à ta question 2), je ne vois pas trop où tu as lu cela dans le cours, masi globalement, il faut que tu imagines qu'il s'agit d'un graphique représentant tous les angles de -180° à +180°, ce qui permettrait en théorie de déterminer toutes les configuration possibles des peptides, avec chaque angle entre -180° et +180°.

Pour finir, je te dirais de ne pas trop te prendre la tête avec ce diagramme : il est certes important de connaître son existence, mais cela m'étonnerait qu'Andrès vous demande de le lire au concours. Toutefois, il est important de connaître les valeurs pertinentes :
- les angles défavorisés : φ = 90° et Ψ = -90°
- les angles favorisés (et majoritairement retrouvés) : φ = -120° et Ψ = +120°

Voili voilou, j'espère que j'ai répondu à tes questions!
Bonne semaine de pause (relative, je sais ya colle mais bon) !

La biochimie vous AIME et vous souhaite BON COURAGE!!!