Fragments d'Okasaki

[burger lover]

Salut la team bioch !
Je n'ai pas compris comment fonctionnait les fragments d'Okasaki, est ce que vous pouvez me faire un point svp ? Je ne comprend pas trop comment ils font pour remonter le brin, et d'ailleurs pourquoi on en a besoin ? (j'ai bien vu qu'il y avait l'histoire du sens 5' vers 3' mais pas plus...)
(vous l'attendiez cette question j'imagine )
Merci beaucoup

[mat_mbd]

Salut!

Effectivement on s'attendait à cette question mais aucun souci on est là pour ça, j'espère qu'après ça ira mieux !
Déjà sache que le professeur Clastre a précisé qu'il ne fallait pas se prendre la tête avec ça puisque c'est un détail et qu'il ne posera probablement pas de questions dessus mais c'est toujours cool de vouloir comprendre !

Tout d'abord, ce mécanisme a lieu pendant la réplication:

clastre.JPG (37.54 Kio) Consulté 2639 fois

Au point 1, l'hélicase rompt les liaisons hydrogène afin d'ouvrir la double hélice. Mais ça va générer des supertours positifs sur l'hélice d'ADN.
Au point 2, Les topoisomérases, en aval de la fourche, permettent de défaire ces supertours positifs en faisant des supertours négatifs. Pour rappel: l'ADN gyrase sur le schéma est une topoisomérase présente chez E.Coli, une bactérie.
Les ADN pol ne synthétisent que dans le sens 5' vers 3'. Ainsi, au point 3, il n'y a aucun problème puisque le brin complémentaire est orienté de 5' en 3'. L'ADN pol III pourra donc synthétiser ce brin complémentaire, appelé brin avancé, de façon continue.
Pour le brin complémentaire du bas, la synthèse devrait se faire de 3' vers 5', ce qui est impossible pour une ADN pol. De plus, l'ADN pol ne peut pas commencer la synthèse et nécessite une amorce synthétisée par l'ARN pol.
Nous voici donc au point 4, on retrouve la primase, une ARN pol, qui synthétise donc les amorces ARN (en orange sur le schéma).
Au point 5, l'ADN pol III peut se fixer pour permettre d'allonger les amorces et synthétiser le brin de 5' en 3', appelé brin retardé (en rouge sur le schéma). Cependant il ne faut pas oublier que pendant ce temps, la fourche continue de progresser, donc qu'il y a encore des parties à synthétiser au fur à mesure que la fourche avance. On aura donc la formation de plusieurs amorces, avec plusieurs élongation en même temps ce qui créé les différents fragments d'Okasaki.
Il faut ensuite retirer les amorces ARN, ce qui est fait par l'ADN pol I, au point 6 sur le schéma. En effet l'ADN pol I a une activité exonucléase de 5' en 3', ce qui lui permet d'exciser les nucléotides de l'amorce en les remplaçant par des nucléotides d'ADN.
Ensuite, au point 7, on comble les "trous" entre les différents fragments grâce à une ADN ligase, qui lie les brins entre eux pour aboutir à la formation d'un brin continu, initialement discontinu.


Voilàààà j'espère que tout est clair pour toi, j'ai mis toute mon énergie pour être la plus claire possible dans ma réponse mais n'hésites pas si tu ne comprends toujours pas !
Bon courage pour la suite <3

[burger lover]

Ok !
Deux questions sur ça :
- Pour synthétiser de l'aDn, il faut des amorces aRn c'est ça ?
- L'amorce ARN est excisée par ADN pol I, mais le trou entre deux fragment est comblé par des nucléotides produit par la ligase ?
Merci !

[Maël]

Heyooo

La synthèse de l'ADN requiert la présence d'amorces ARN sur le brin retardé . En effet la synthèse sur le brin avancé se fait directement par l'ADN pol III

L'ADN pol I va exciser l'amorce ARN et la remplacer par de l'ADN.
L'ADN ligase ne produit pas de nucléotide : elle forme la liaison phosphodiester entre le morceau d'ADN synthétiser par l'ADN pol III et le morceau synthétiser par l'ADN pol I pour remplacer l'amorce ARN.

Je résume : La pol III part d'une amorce ARN et va synthétiser dans le sens 5' vers 3' jusqu'à rencontrer la prochaine amorce ARN. Ainsi, il n'y a pas vraiment de "trou" au sens qu'il manque des nucléotides. Il manque simplement une liaison entre l'extrémité 3' du morceau synthétisé par l'ADN pol III et l'extrémité 5' du morceau qui remplace l'amorce ARN. Cette liaison sera réaliser par l'ADN ligase.
Je répète: L'ADN ligase n'ajoute pas de nucléotides

Voila, n'hésite pas si tu as besoin d'autres explications
La team bioch est la pour toi <3

[burger lover]

C'est top ! merci !!!