Calcul phi

[Eleonore]

Salut,
Je galère un peu pour remplir le tableau afin de calculer le phi.
Pour COOH, on met - puis à partir du pKa on met 0
Pour NH2, on met + puis à partir du pKa on met 0
1) Comment fait-on pour la chaîne résiduelle R ??

2) Je sais qu’il y a des exceptions (histine, cystéine, tyrosine) si je ne me trompe pas mais comment on les utilise ??

Ensuite, dans le QCM joint, je ne comprends donc pas les lignes 2-3-4 du tableau de correction : Lys R (chaîne résiduelle de la lysine) ; His R (chaîne résiduelle de l’histidine) ; Glu R (chaîne résiduelle du glutamate ou acide glutamique).
Énoncé : soit le tripeptide suivant : Lys - His - Glu
3) Pourquoi pour la lysine ça fait + → 0 ? Pareil pour le glutamate - → 0 ? Et pareil pour l’histidine qui est une exception ?

4) Je ne comprends pas bien la correction de l’item E. Est-ce possible d’avoir plus d’explications svp ?

J’espère avoir été la plus claire possible.

Merci pour ce que vous faites !!!!!!!!!

[Isaure]

Hello Eleonore!

J'espère que tu vas bien et que tu appréhendes bien cette 3e colle de bioch. Le calcul du pHi peut être assez effrayante car le mécanisme n'est pas vraiment expliqué par le prof, mais je vais essayer d'être le plus claire possible.

Règle générale : un AA basique est chargé positivement sur sa chaîne latérale. Dès lors, quand il se déprotonne (cad qu'il perd un ion H+), il passe d'une charge positive à une charge neutre.
Un AA acide quand à lui, possède un groupement COOH qui se déprotonne en COO-. Il passe don d'une charge neutre à une charge négative.

Récap:
AA basiques (Lys, Arg) : + -> 0
AA acides (Asp, Glu) : 0 -> -

/!\ Evidemment il y a des exceptions sinon c'est pas drôle:
Cystéine et Tyrosine ont un pKA basique mais se comportent comme des acides donc ils se déprotonneront de la manière suivante : 0 -> -
L'Histidine, qui a un pKA de 6, devrait se comporter quant à elle comme un acide mais se déprotonne + -> 0.

Passons maintenant au cas par cas de chaque AA dans le peptide.
Tu commences par chercher dans ton tableau le pkA de l'AA en N-term et de l'AA en C-term.
Attention : si dans le tableau, on t'indique également le pKA de la chaîne latérale da l'AA en N-term ou C-term, prends le aussi en compte! Par exemple dans le peptide Lys-His-Glu, pour la Lysine, tu mets dans ton tableau le pKA(N-term) = 9,06 mais aussi le pKA (CL) = 10,54 (Bien sûr ces valeurs seront toujours données dans un tableau).

Tu continues de remplir le tableau en prenant en compte les pKa des chaînes latérales des AA constituant le centre de ton peptide. Evidemment, si la chaîne latérale n'est pas chargée, le pKA ne sera pas donnée dans le tableau et tu ne prends alors pas l'AA en compte dans le tableau.Par exemple, pour le pKA de la phénylalanine, tu trouveras dans le tableau un tiret dans la colonne du pKA de la chaîne latérale.

Tu peux ensuite remplir ton tableau ligne par ligne en faisant bien évoluer ton signe (0->- ou +-> 0) après le passage du pkA, selon si ton AA est basique ou acide.
Si tu ne t'es pas trompée, les signes dans ta dernière ligne (total) devraient former un escalier, comme par exemple, 2+, 1+, 0, -1, -2...

Tu finis par calculer la moyenne des pKA qui entourent la charge nulle et tu as ton pHi!

Je reviens à tes questions :
1) si la chaîne latérale est neutre: le pKA ne t'est même pas donné, tu ne prends pas en compte l'AA (sauf s'il est en extrémité bien sûr). Si la CL est chargée, tu remplis la ligne de ton tableau en fonction de si l'AA est acide (0 -> -) ou basique (+ -> 0).
2) je te les ai mises plus haut
3) La lysine fait + -> 0 car c'est un AA basique. Quant au glutamate, je ne comprends pas trop ta question : dans le tableau, il se déprotonne bien 0 -> - (car c'est un AA acide ) et non - -> 0... L'histidine est une exception qui se déprotonne + -> 0.
4) L'exopeptidase est une enzyme capable de couper les AA situés aux étrémités du peptide (en N-term et en C-term), contrairement à une endopeptidase qui coupe à l'intérieur du peptide. Ainsi ici, il n'y a pas de raison qu'elle ne puisse pas agir sur ce peptide.

Voilà, j'espère ne pas t'avoir trop embrouillée, c'est un peu long à expliquer par écrit, mais si tu veux une explication plus visuelle, n'hésite pas à venir à la perm tuteurs pour qu'on te fasse des exemples.

La biochimie t'aime et te souhaite bon courage pour la 3e colle et pour ce mois d'octobre!