Salut Alexandre, j’espère que tu vas bien!
Alors pour commencer sache que les protons et les neutrons sont des nucléons. L’énergie varie en fonction de la distance entre les nucléons, le petit pic représentant une hausse d’énergie dû à la répulsion coulombienne, et la baisse d’énergie qui illustre le puit de potentiel est permis grâce à l’interaction forte.
Les neutrons et protons ne « vont » pas dans le puits de potentiel. Le puit de potentiel représente la baisse importante de l’énergie associée à ces interactions.
Imaginons deux protons :

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En lisant de la droite vers la gauche, on constante que nos deux protons se rapprochent jusqu’à une distance de 4 femtomètres, l’énergie augmente grâce aux forces de répulsion coulombienne. Si les protons continuent à se rapprocher, l’énergie potentielle chute grâce aux forces nucléaires fortes. Puis si les deux protons se rapprochent encore (vers 0,5 femtomètres) l’énergie augmente et la force redeviens répulsive.
Plus l’état d’énergie est faible, plus le système est stable. Ainsi lorsque les interactions nucléaires forte dominent la répulsion coulombienne, l’énergie y est très faible d’où la formation d’un puit de potentiel « énergétique » qui reflète une très grande stabilité du système.
Pour conclure, un puit de potentiel c’est une représentation graphique qui permet d’illustrer le niveau énergétique des nucléons.
P.S : c’est une question de physico-chimie, je sais que c’est un peu galère de différencier biophy de physico-chimie mais je t’invite à suivre le lien
https://forum.tutotours.fr/viewtopic.php?f=275&t=3335 où une question similaire y a été posée.
J’espère avoir pu éclaircir ce point de cours, n’hésite pas si tu as d’autres questions !
Toute la team physico-chimie te souhaite bon courage <3 <3