Forum du Tutorat de Santé de Tours

Bonsoir !

Désolé de vous déranger... j'avais une question pour le calcul du pHi des acides aminés...

Donc quand on fait le tableau, on insère les valeurs des pKa de N-term en C-term, donc celui de NH2 et COOH (reprenez-moi si je me trompe).
Mais s'il faut rajouter les pKa des résidus R, comment savoir les signes qu'il faut mettre dans le tableau ? entre +/0 ou 0/- par exemple ?

J'espère que c'est assez clair...
Merci d'avance !

Bonne soirée et bon courage !
Marjorie

Saluuut
Calculer le pHi d’une proteine peut paraître compliquer mais en vrai avec de l’habitude ça se fait.
Pour calculer le pHi d’une proteine ducoup tu l’as très bien dit il faut d’abord prendre en compte le pKa des AA aux extrémités C-term et N-term, donc prendre le pKa de la fonction COOH en C-term et le pKa de la fonction NH2 en N-term.
Une fois cela fait il faut vérifier que le peptide ne comportent pas d’AA ayant une chaîne latérale qui a des propriétés acide ou basique, on considérera acide les AA acide aspartique et l’acide glutamique ; de l’autre cote on considérera basique l’Arginine la cysteine, la lysine et la tyrosine, ainsi que l’histidine (il faut connaître les propriétés des diffèrent acides aminés, un tableau avce les valeurs de pKa sera toujours donne dans le cas d’un calcul de pHi mais il faut malgré tout connaître leur propriété car c’est ca qui va permettre de calculer le pHi)
Ducoup, une fois qu’on a nos AA acide et ceux basique il faut comprendre que la charge lie a la chaîne latérale dépend de la fonction associe, en effet les acides amine acides possèdent une fonction acide carboxylique (COOH) sur leur chaîne latérale, fonction qui est protone lorsque le pH est inférieur au pKa mais deprotonee au dessus donc si pKa = 2 a pH < 2 on a COOH et a pH >2 on a COO- (donc une charge - qd ph>pKa et une charge nulle a pH<pKa
Pour les acides aminée basique c’est le meme principe on a une fonction amine sur la chaîne latérale, fonction qui est protonee a pH inférieur au pKa et deprotonee a ph supérieur, on a donc a pH<pKa NH3+ et a pH>pKa NH2 (donc charge + a pH<pKa et charge nulle a pH>pKA)
Et maintenant tu as toutes les cartes en mains pour faire ton tableau et calculer le pHi.
J’espère avoir pu t’aider a mieux comprendre, si tu as d’autres question n’hésites pas a les reposer sur le forum ou directement en perm tuteurs où les tuteurs t’expliqueront avec joie.
Bonne soirée a toi et bon courage

ok merci beaucoup pour ta réponse super rapide !
c'est beaucoup plus clair donc j'ai plus qu'à appliquer !
bonne soirée